В ночь с 16 на 17 июля 1918 года в городе Екатеринбурге в подвале дома горного инженера Николая Ипатьева были расстреляны российский император Николай II, его жена императрица Александра Федоровна, их дети — великие княжны Ольга, Татьяна, Мария, Анастасия, наследник цесаревич Алексей, а также лейб‑медик Евгений Боткин, камердинер Алексей Трупп, комнатная девушка Анна Демидова и повар Иван Харитонов.
Последний российский император Николай Александрович Романов (Николай II) вступил на престол в 1894 году после смерти отца императора Александра III и правил до 1917 года, пока обстановка в стране не усложнилась. 12 марта (27 февраля по старому стилю) 1917 года началось вооруженное восстание в Петрограде, а 15 марта (2 марта по старому стилю) 1917 года по настоянию Временного комитета Государственной Думы Николай II подписал отречение от престола за себя и своего сына Алексея в пользу младшего брата Михаила Александровича.
После отречения с марта по август 1917 года Николай с семьей находился под арестом в Александровском дворце Царского Села. Специальной комиссией Временного правительства изучались материалы для возможного предания суду Николая II и императрицы Александры Федоровны по обвинению в государственной измене. Не найдя свидетельств и документов, явно обличавших их в этом, Временное правительство склонялось к их высылке за границу (в Великобританию).
В августе 1917 года арестованных перевезли в Тобольск. Основной идеей большевистского руководства стал открытый суд над бывшим императором. В апреле 1918 года ВЦИК принял решение о переводе Романовых в Москву. За суд над бывшим царем высказывался Владимир Ленин, главным обвинителем Николая II предполагалось сделать Льва Троцкого. Однако появились сведения о существовании "белогвардейских заговоров" для похищения царя, концентрации для этой цели в Тюмени и Тобольске "офицеров-заговорщиков", и 6 апреля 1918 года Президиум ВЦИК принял решение о переводе царской семьи на Урал. Царская семья была перевезена в Екатеринбург и размещена в доме Ипатьева.
Восстание белочехов и наступление белогвардейских войск на Екатеринбург ускорили принятие решения о расстреле бывшего царя.
Организовать расстрел всех членов царской семьи, доктора Боткина и слуг, находившихся в доме, было поручено коменданту Дома особого назначения Якову Юровскому.
Сцена казни известна из следственных протоколов, со слов участников и очевидцев и рассказов непосредственных исполнителей. Юровский рассказал о расстреле царской семьи в трех документах: "Записка" (1920); "Воспоминания" (1922) и "Выступление на совещании старых большевиков в Екатеринбурге" (1934). Все детали этого злодеяния, переданные главным участником в разное время и при совершенно отличных обстоятельствах, сходятся в том, как была расстреляна царская семья и ее слуги.
По документальным источникам можно установить время начала убийства Николая II, членов его семьи и их слуг. Автомобиль, доставивший последний приказ об уничтожении семьи, прибыл в половине второго ночи с 16 на 17 июля 1918 года. После чего комендант приказал лейб‑медику Боткину разбудить царскую семью. На сборы у семьи ушло примерно 40 минут, потом ее и слуг перевели в полуподвальное помещение этого дома, окном выходящее на Вознесенский переулок. Царевича Алексея Николай II нес на руках, поскольку тот не мог идти из‑за болезни. По просьбе Александры Федоровны в комнату внесли два стула. На один села она, на другой царевич Алексей. Остальные расположились вдоль стены. Юровский ввел в комнату расстрельную команду и прочитал приговор.
Вот как описывает сам Юровский сцену казни: "Я предложил всем встать. Все встали, заняв всю стену и одну из боковых стен. Комната была очень маленькая. Николай стоял спиной ко мне. Я объявил, что Исполнительный Комитет Советов Рабочих, Крестьянских и Солдатских Депутатов Урала постановил их расстрелять. Николай повернулся и спросил. Я повторил приказ и скомандовал: "Стрелять". Первый выстрелил я и наповал убил Николая. Пальба длилась очень долго и, несмотря на мои надежды, что деревянная стена не даст рикошета, пули от нее отскакивали. Мне долго не удавалось остановить эту стрельбу, принявшую безалаберный характер. Но когда, наконец, мне удалось остановить, я увидел, что многие еще живы. Например, доктор Боткин лежал, опершись локтем правой руки, как бы в позе отдыхающего, револьверным выстрелом с ним покончил. Алексей, Татьяна, Анастасия и Ольга тоже были живы. Жива была еще и Демидова. Тов. Ермаков хотел закончить дело штыком. Но, однако, это не удавалось. Причина выяснилась позднее (на дочерях были бриллиантовые панцири вроде лифчиков). Я вынужден был по очереди расстреливать каждого".
После констатации смерти все трупы начали переносить в грузовик. В начале четвертого часа, с рассветом, трупы убитых были вывезены из дома Ипатьева.
Останки Николая II, Александры Федоровны, Ольги, Татьяны и Анастасии Романовых, а также лиц из их окружения, расстрелянных в Доме особого назначения (дом Ипатьева), были обнаружены в июле 1991 года около Екатеринбурга.
17 июля 1998 года в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга состоялось захоронение останков членов царской семьи.
В июле 2007 года были обнаружены останки, принадлежащие цесаревичу Алексею и его сестре великой княжне Марии.
В октябре 2008 года президиум Верховного суда РФ принял решение о реабилитации российского императора Николая II и членов его семьи. Генпрокуратура России также приняла решение реабилитировать членов императорской фамилии — великих князей и князей крови, казненных большевиками после революции. Были реабилитированы слуги и приближенные царской семьи, которые были казнены большевиками или подверглись репрессиям.
В январе 2009 года Главное следственное управление Следственного комитета при прокуратуре РФ прекратило расследование дела по обстоятельствам гибели и захоронения последнего российского императора, членов его семьи и лиц из окружения, расстрелянных в Екатеринбурге 17 июля 1918 года, "в связи с истечением сроков давности привлечения к уголовной ответственности и смертью лиц, совершивших умышленное убийство" (подпункт 3 и 4 части 1 статьи 24 УПК РСФСР).
15 января 2009 года следователь вынес постановление о прекращении уголовного дела, однако судья Басманного районного суда города Москвы 26 августа 2010 года постановил в соответствии со статьей 90 УПК РФ признать это постановление необоснованным и обязал устранить допущенные нарушения. 25 ноября 2010 года постановление следствия о прекращении данного дела было отменено заместителем председателя Следственного комитета.
14 января 2011 года Следственный комитет РФ сообщил, что постановление приведено в соответствии с судебным решением и уголовное дело о гибели представителей Российского императорского дома и лиц из их окружения в 1918-1919 годах прекращено. Идентификация останков членов семьи бывшего российского императора Николая Второго (Романова) и лиц из его свиты подтверждена.
27 октября 2011 года постановление о прекращении расследования дела о расстреле царской семьи было передано представителю дома Романовых. В постановлении на 800 страницах приведены основные выводы следствия и указано на подлинность обнаруженных останков царской семьи.
Однако вопрос установления подлинности по‑прежнему остается открытым. Русская православная церковь не нашла достаточных оснований для того, чтобы признать найденные останки мощами царственных мучеников, Российский императорский дом в этом вопросе поддерживает позицию РПЦ. Директор канцелярии Российского императорского дома подчеркнул, что генетической экспертизы недостаточно.
Церковь канонизировала Николая II и его семью и 17 июля отмечает день памяти святых Царственных страстотерпцев.